В целом по окраске выделяют три большие группы макрофитов: зеленые, бурые, красные. Цветовое разнообразие водорослей связно с тем, что наряду с хлорофиллами они содержат и другие пигменты – каротиноиды и фикобилины.

Эти дополнительные пигменты способны поглощать энергию лучей солнечного света, недоступных хлорофиллу.

Например, водоросли, обитающие на глубинах, куда проникает свет преимущественно зелено-голубой части спектра, имеют дополнительный красный пигмент фикоэритрин; он поглощает энергию именно этих сине-зеленых световых волн и передает ее клеткам, содержащим хлорофилл, где она используется для синтеза сахаров в процессе фотосинтеза.

Фикоэритрин придает водорослям красный цвет. Каротиноиды активны преимущественно в более коротковолновой, сине-зеленой части спектра; они придают водорослям желтовато-бурый цвет.

Наличие тех или иных пигментов или же их одновременное присутствие в макрофите, но в различных соотношениях и обусловливает все разнообразие цветовых оттенков у водорослей.